Rispetto ai precedenti capitoli, Far Cry 5 mostra la prima differenza sostanziale sin dal primo avvio. Il protagonista di questa avventura non è un personaggio predefinito, non possiede un nome e non spiccicherà mai una parola durante le varie cut-scene.
Ubisoft ha scelto di lasciare all'utente la possibilità di creare il proprio alter-ego come più gli aggrada, fornendo un'ampia scelta durante la personalizzazione (É possibile scegliere il sesso, i tratti del corpo ed il vestiario, che inizialmente sarà limitato in quanto "servono soldi" per potersi permettere degli abiti alla moda).
Tutto ciò, naturalmente, si rifletterà nella componente online, e l'intento di base è proprio questo, ma ne parleremo in seguito.
Tornando alla trama, nelle battute di apertura (Dopo aver scelto il sesso del nostro alter-ego) ci troveremo a bordo di un elicottero, insieme ad una squadra scelta, con il fine di raggiungere l'assediata Hope County per arrestare "Il Padre", dato che le vie di accesso di terra a questa sono state bloccate dalla setta.
Il padre, ossia il soprannome che il folle Joseph Seed ha attribuito alla sua figura di messia sceso in terra, stava tenendo una "predica" nella sua chiesa personale e, strano a dirsi, data l'ostilità dei componenti della setta, si lascia ammanettare senza problemi.
Già da questo momento si avverte una strana sensazione in quanto, cosa davvero strana, sembra proprio che il tutto fosse stato organizzato a pennello da qualcuno (A partire dai colleghi del protagonista che non reputavano affatto intelligente "affidare un compito del genere ad un novellino", riferendosi al protagonista).
Una volta raggiunto l'elicottero, come - ahimè - si poteva immaginare, i piloti non riescono a guadagnare nemmeno un po' di quota prima che questo venga abbattuto da parte degli "edeniti" (I sostenitori del "Progetto Eden's Gate"), che libereranno prontamente il loro messia.
I nostri compagni vengono catturati ed il protagonista, insieme allo sfortunato collega Burke, improvvisa una fuga davvero disperata avventurandosi tra i boschi, accompagnato da un suggestivo chiaro di luna.
Nonostante l'incredulità dei pochi elementi rimasti "mentalmente sani" in Hope County, Joseph Seed è riuscito a mettere in piedi, con l'aiuto dei suoi tre fratelli, una vera e propria "setta religiosa", basando il tutto su di una profezia a lui nota.
Grazie alle sue capacità di espressione, ed all'aiuto di una sostanza allucinogena denominata Gaudio (La quale è stata riversata nei fiumi con l'intento assuefare di più persone possibili, che se ingerita in quantità elevate riesce a creare dei veri e propri zombie), la famiglia Seed si è impossesata dell'intera contea, suddivisa in 3 grandi regioni gestite dai componenti della stessa, torturando chiunque non accettasse "la loro religione".
Il compito del protagonista sarà ovviamente quello di liberare i suoi colleghi, ormai catturati ed assogettati al credo del Progetto Eden's Gate, oltre che di aiutare la fievole resistenza a riconquistare le varie zone reclamate dagli edeniti.
All'utente viene lasciata la possibilità di seguire la trama come più gli aggrada, scegliendo di volta in volta le missioni da affrontare, sebbene al loro conseguimento vi saranno talvolta delle "inevitabili" conseguenze.
